인증평가는 인증평가년도 전년도에 있는 인증설명회로부터 시작되며, 인증설명회 이후 인증평가 신청을 받아 대상 교육기관을 선정한다. 인증평가절차는 매년 다소간의 차이는 있으나 아래와 같은 절차를 거쳐 실행되고 있다.



세부 평가과정은 다음과 같다.

  인증평가 신청 및 선정 과정은 매년 차년도 인증설명회가 개최된 이후 시작된다. 인증설명회 이후 차년도 인증평가신청을 전국의 공과대학 및 전문대학에 안내하고, 인증평가신청 기간 동안 신규 또는 중간방문 예정 대학들이 인증평가신청을 하도록 한다. 인증평가신청이 완료되면 신규인증평가신청의 경우 다음의 선정기준에 의해 차년도 인증평가대상 대학으로 선정되며, 이를 해당 대학에 공문을 통해 공지한다.
▶ 소속한 대학의 모든 프로그램이 인증평가를 신청한 경우
▶ 절대적으로 다수의 프로그램이 인증평가를 신청한 경우
▶ 공학교육인증제도를 적용한 학년이 고학년인 경우(한시적으로 적용)
▶ 공학기술교육인증제도를 적용하는 학위과정의 최고학년이 높은 경우(공학기술교육인증에 한해 한시적 적용)
▶ 지역적으로 인증을 받은 대학이 없거나 적은 지역에서 신청한 경우(한시적으로 적용)
▶ 기타 공인원의 정책적인 판단에 의해 우선적으로 고려할 필요성이 있는 경우

  공인원은 교육기관의 인증신청을 받으면 소정의 선정기준에 따라 당해 연도 평가대상을 선정하고 이에 맞춰 평가단을 구성한다. 평가단은 단장 1인과 평가위원들로 구성되며, 평가위원은 프로그램 당 1~2인으로, 공인원 소정의 교육을 이수한 평가자 가운데서 공인원 내부 규정에 따라 위촉한다. 공인원은 평가위원 위촉에 앞서 각 프로그램별 평가위원 후보명단(소요 평가위원 수의 3배수 정도로 구성)을 교육기관으로 송부하며, 교육기관은 해당 프로그램 인증평가에 부적합하다고 생각되는 평가위원 후보자가 있는 경우에는 해당 평가위원 후보자에 대하여 사유를 명시하여 제척할 수 있다. 공인원은 제척 사유가 정당하다고 인정될 때에는 제척 해당자를 후보명단에서 제외하여 평가위원 후보명단을 확정하고, 확정된 후보자들 가운데서 평가위원을 선정한다. 평가단은 최종 인증판정이 내려짐과 동시에 해체된다.


  공인원은 교육기관과 교육 프로그램(학위과정)이 준비하여 보고하여야 할 사항들에 대한 목록과 필요한 서식을 제공한다. 교육기관과 프로그램(학위과정)의 교육을 담당하는 교수들은 인증 평가에 앞서 공인원에서 요구하는 항목과 평가방법에 따라서 자체적으로 평가한 후 자체평가보고서를 제출한다. 자체평가보고서에서 고려하여야 할 사항들에는 공인원에서 구체적으로 요구하는 사항들과 교육기관 및 프로그램(학위과정)이 자체적으로 기술하거나 편집한 내용들이 포함된다. 평가단은 교육기관의 자체평가보고서를 검토하고 이에 대한 의견을 교육기관에 제시하고 현지방문 평가시 설명할 수 있도록 요청한다.


  공인원은 교육기관과 프로그램(학위과정)이 제출한 자체평가보고서를 평가하는 기준을 설정하고 평가단은 이를 바탕으로 자체평가보고서를 평가한다. 평가단은 평가항목에 대한 평가결과인 서면평가의견서를 제시하여야 한다. 또한 교육기관에서 제시된 자료가 미흡한 경우에는 이를 보완하도록 서면으로 요청할 수 있다. 보완결과는 서면으로 제시할 수 있으며, 서면 제시가 어려운 경우에는 평가단의 방문평가 시 현장에서 제시할 수도 있다.


  방문평가는 서류 점검, 면담 등을 통해 대학의 자체평가보서를 통한 서면평가에 있어 불확실한 사항에 대해 점검하는 인증평가 절차 중 핵심이 되는 과정이다. 방문평가에서는 자체평가보고서에 적절하게 설명하기 어려운 요소들(즉, 교육환경, 교수진과 학생들의 사기, 교수진과 학생들의 안정성과 계속성, 직원 및 학생단체의 수준, 교육성과 등)과 질적 요소들을 평가의 주요 대상으로 삼는다. 또한 교육기관의 약점 파악보다 장점 평가에 주안점을 두고, 자체평가보고서에 기술된 내용과 합치되는지에 대하여 상세히 조사한다. 1박2일의 기간 동안 진행되는 방문평가는 평가기준 8가지(KEC2005 기준) 중 특히 기준 2의 프로그램 학습성과 및 평가에 대한 대학 자체의 평가 도구와 자율 순환적 평가시스템의 구축여부 등에 대해서 집중적으로 평가하게 된다. 구체적인 방문평가 절차는 아래와 같다.

방문일	방문내용
방문 1 일	정오경에 숙소에 도착하여 평가단장의 주재로 평가단 회의를 개최하고, 방문평가에 대한 준비사항을 점검한다. 이후 평가단은 교육기관을 방문하여 상견례 후 종합설계 포트폴리오 공동 점검 및 프로그램별 평가를 실시하며, 이 과정에서 평가단과 교육기관은 평가에 필요한 의견 교환을 위한 회의를 가질 수 있다. 평가단장은 교육기관장과 학장을 방문하여 공학교육인증에 대한 지원의지와 의견을 청취한다. 방문 1일 평가 종료 후에 '방문1일' 평가를 완성하여 평가단장에게 제출한다. 평가단장은 필요시 저녁시간에 평가단 회의를 소집하여 방문 1일 평가에 대비한 프로그램(학위과정)별 의견조율을 가질 수 있다.
방문 2 일	교육기관을 방문하여 중점적인 현지 평가를 실시한다. 평가단은 프로그램(학위과정) 교육목표와 프로그램 학습성과(졸업생 역량)를 달성할 수 있도록 교육이 시행되고 있는지를 평가하기 위해 교육현장과 교육 지원시설을 확인한다. 점심식사는 평가단 조율을 위해 평가단 구성원 외 참석이 불허된다. 오후에는 현지에서 살펴본 내용 중 불충분한 부분에 대한 재확인을 하거나 미처 수행하지 못한 내용을 살펴보는 시간을 갖은 후 평가단과 교육기관 관계자들이 마무리 면담 회의를 갖는 것으로 방문평가가 종료된다. 아울러 평가단장은 필요 시 저녁시간에 평가단 회의를 소집하여 방문 2일 평가에 대비한 프로그램(학위과정)별 의견조율을 가질 수 있다.
방문 3 일	평가단 조율회의 (평가단 구성원 외 참석 불허)

 평가단장은 프로그램(학위과정)의 전공분야별 조율을 기초로 교육기관 전체에 대한 예비논평서(초안)를 완성하고 이를 공인원 인증사업본부장에게 제출한다. 인증사업본부장은 제출된 모든 자료를 종합적으로 검토하고 해당 평가단의 의견수렴을 거쳐 예비판정을 확정하고, 예비논평서를 편집, 제본하여 교육기관으로 발송한다.


 교육기관 및 프로그램(학위과정)은 공인원으로부터 접수한 예비논평서에 지적된 내용 및 평가결과에 이의가 있는 경우 이를 소명하는 논평대응서를 공인원 인증사업운영팀으로 제출한다. 논평대응서는 예비논평서 접수 후 14일 이내에 제출하여야 한다. 공인원 인증사업운영팀은 접수한 논평대응서의 사본을 인증사업본부장, 해당 평가단장 및 평가위원에게 전달한다.


 공인원의 인증평가는 이전의 교육기관 평가들과 달리 대부분의 평가항목이 정성적 평가로 되어있기 때문에 평가자의 주관에 따라 평가결과가 다르게 나타날 수 있다. 따라서 평가자에 관계없이 동일한 사항에 대하여 동일한 평가가 도출 될 수 있도록 하는 평가의 일관성을 유지하기 위한 시스템 구축은 인증평가의 필수 요소이다. 이 같은 목적을 위해 공인원은 전공분야별, 대학별, 연도별 조율위원회를 두고 프로그램(학위과정) 평가자가 내린 인증평가결과를 조율하였다. 전공분야별 조율위원회는 교육기관 방문평가 이후에 개최하며, 예비논평서(초안)의 평가결과에 대한 유사 학문 분야 프로그램(학위과정) 간 평가의 일관성을 조율한다. 또한 대학연도조율위원회는 교육기관의 논편대응서가 제출된 후 이를 토대로 평가단장이 교육기관 인증평가 최종논평서의 초안을 작성하여 인증사업본부장에게 제출하면 인증사업본부장은 대학연도조율위원회를 개최하여 최종논평서 초안의 평가결과에 대한 대학별, 연도별 일관성을 조율한다.


 평가단장은 대학연도조율위원회 결과를 반영하여 최종논평서 초안을 수정하고 이를 인증사업본부장에게 제출한다. 인증사업본부장은 작성된 최종논평서 초안을 종합적으로 검토하여 인증판정(안)을 마련하고 이를 공학인증평의회(EAC), 컴퓨터·정보기술인증평의회(CAC) 및 공학기술교육인증평의회(ETAC)에 상정하며, 각 평의회는 인증판정을 최종 확정한다. 인증판정이 확정된 후에 그 결과를 공인원 이사회에 보고하고, 최종논평서와 인증서를 교육기관으로 발송함으로써 인증 결과를 통보한다.